I connected the fan directly to the battery and then to the motor using a diode in order to isolate the circuits

Per spiegarmi meglio: ho collegato la ventola direttamente alla batteria, poi ne ho abbassata la tensione fino a 4v (al di sotto non partiva)
E poi l'ho collegata in parallelo al motore usando un diodo per non far andare la tensione della ventola al motore ma solo dal motore alla ventola.
Non collegare entrambi i motori alla ventola però, perchè il diodo blocca la corrente solo in un senso; nel momento in cui inverti la polaritÃ* i due motori interferiscono.
In questo modo la ventola è sempre alimentata, che il motore funzioni o no. Ti consiglio di aggiungere una piccola camera dietro alla ventola, con una spugna porosa così da evitare che un po' di fumo esca anche da diettro.

Ciao,
Francesco